Apesar de sua carreira ter sido importunada por fofocas de todos os tipos, seu amor pela música contornou esses problemas e o ajudou a produzir mais álbuns e se dedicar aos seus fãs e seguidores. A carreira de Moon Hee Jun começou quando ele foi selecionado para ser membro da revolucionária boyband H.O.T.. Durantes os cinco anos em que esteve no grupo, Moon Hee Jun ganhou experiência na cena musical, por causa de seu imenso sucesso, além de se provar um dançarino e coreógrafo talentoso, freqüentemente coreografando as danças do grupo.
Ele se tornou o segundo membro do H.O.T. a se lançar em carreira solo, seguindo Kangta, lançando seu álbum de estréia em outubro de 2001. Alone era um álbum de gêneros misturados, combinando o som de seu antigo grupo com sua verdadeira paixão, rock.
Depois do lançamento do álbum de estréia de Moon Hee Jun, houveram várias críticas. Ele fez seu nome no H.O.T. como um ídolo e dançarino e no entanto, estava se intitulando um roqueiro, algo que não foi aceito por seus fãs. Isso se tornou, de alguma forma, o assunto do momento entre os jovens coreanos com numerosas fotos, textos e músicas paródias circulando pela internet. Naquele momento, ele ficou tão triste com os insultos que em uma entrevista para um jornal ele pediu para o público parar com isso, mas infelizmente, quando o artigo foi publicado na internet, o site tinha mais de 320.000 comentários de fãs insatisfeitos que invadiram a página.
Seu segundo álbum, Messiah, encontrou controvérsias quando a música MEDIAfoi banida de todas as três maiores estações (KBS, MBC e SBS) por atacar a mídia de massa. A música era particularmente ofensiva, pois a letra foi escrita pelo próprio Moon Hee Jun e era baseada em sua experiência como produtor. O cantor protestou sobre seu direito de expressão e se recusou a mudar a letra da música.
O lançamento de seu terceiro álbum, Legend, em 2003 mostrou o fim de sua longa relação com a SM Entertainment, empresa na qual era contratado desde seus dias de H.O.T.. Em seguida, ele criou sua própria companhia chamada PS Entertainemnt. O contrato com a SM Entertainemnt terminou com o lançamento de um álbum de grandes hits intitulado Best - A Soaring For Dream.
Em 2005, ele lançou seu ultimo álbum antes de entrar no serviço militar com o nome de Triple X. Apenas um mês depois do lançamento do álbum, ele se alistou. Ele serviu por 2 anos na Agência de Defesa para Informações Públicas, como um recruta especial.
Apesar de estar alistado como militar, Moon Hee Jun ainda estava envolvido com a música e tentou se envolver com a cena musical o máximo que pode, além de tentar se manter em contato com seus fãs. Enquanto estava no serviço militar, ele trabalhou junto de Ji Sung produzindo dois shows de radio transmitidos pela Estação de Rádio do Exército Nacional: The Heart I Want To Give, The Words I Want To Hear e Music Talkshow. No último, Moon Hee Jun foi o apresentador do programa, que contava com músicos como convidados e dizem que recebeu uma boa resposta do público jovem.
Em setembro de 2007, Moon Hee Jun assinou um contrato temporário com a SidusHQ, com um contrato permanente a ser proposto quando ele retornasse do serviço militar. Esse contrato causou rumores sobre o que Moon Hee Junplanejava fazer quando voltasse.
Quando ele retornou do exército no final de 2007, foi recebido com uma grande recepção de seus fãs. 500 fãs se reuniram em toda Coréia para dar as boas vindas pra ele em casa. Seu show de volta, 1996 Returns, foi marcado para os dias 29 e 30 de dezembro de 2007 e os ingressos esgotaram em 15 minutos. Ele disse depois de retornar que seu tempo no serviço militar o fez ter grande apreciação por se apresentar ao vivo. No show, ele cantou canções que tinha escrito em março de 2000 para o sexto álbum do H.O.T., que nunca foi gravado.
Em fevereiro de 2008, Hee Jun foi chamado para ser apresentador de um show de variedades chamado Find Mr. Kim.